/**
 * PHOSIDE: PHosphorylation Site IDentification Engine.
 * Copyright 2009 Digital Biology Lab, University of Missouri.
 * This library is free software; you can redistribute it and/or modify it under
 * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
 * Foundation; either version 3 of the License, or (at your option) any later
 * version. <p/> This library is distributed in the hope that it will be useful,
 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the License for more
 * details.
 */

package phoside.knn.matrix.similarity;

/**
 *
 * @author gjj
 */
public class Pam {
                
        public final static double[][] pam120 = {
                { 3,-3,-1, 0,-3,-1, 0, 1,-3,-1,-3,-2,-2,-4, 1, 1, 1,-7,-4, 0, 0,-1,-1,-8},
                {-3, 6,-1,-3,-4, 1,-3,-4, 1,-2,-4, 2,-1,-5,-1,-1,-2, 1,-5,-3,-2,-1,-2,-8},
                {-1,-1, 4, 2,-5, 0, 1, 0, 2,-2,-4, 1,-3,-4,-2, 1, 0,-4,-2,-3, 3, 0,-1,-8},
                { 0,-3, 2, 5,-7, 1, 3, 0, 0,-3,-5,-1,-4,-7,-3, 0,-1,-8,-5,-3, 4, 3,-2,-8},
                {-3,-4,-5,-7, 9,-7,-7,-4,-4,-3,-7,-7,-6,-6,-4, 0,-3,-8,-1,-3,-6,-7,-4,-8},
                {-1, 1, 0, 1,-7, 6, 2,-3, 3,-3,-2, 0,-1,-6, 0,-2,-2,-6,-5,-3, 0, 4,-1,-8},
                { 0,-3, 1, 3,-7, 2, 5,-1,-1,-3,-4,-1,-3,-7,-2,-1,-2,-8,-5,-3, 3, 4,-1,-8},
                { 1,-4, 0, 0,-4,-3,-1, 5,-4,-4,-5,-3,-4,-5,-2, 1,-1,-8,-6,-2, 0,-2,-2,-8},
                {-3, 1, 2, 0,-4, 3,-1,-4, 7,-4,-3,-2,-4,-3,-1,-2,-3,-3,-1,-3, 1, 1,-2,-8},
                {-1,-2,-2,-3,-3,-3,-3,-4,-4, 6, 1,-3, 1, 0,-3,-2, 0,-6,-2, 3,-3,-3,-1,-8},
                {-3,-4,-4,-5,-7,-2,-4,-5,-3, 1, 5,-4, 3, 0,-3,-4,-3,-3,-2, 1,-4,-3,-2,-8},
                {-2, 2, 1,-1,-7, 0,-1,-3,-2,-3,-4, 5, 0,-7,-2,-1,-1,-5,-5,-4, 0,-1,-2,-8},
                {-2,-1,-3,-4,-6,-1,-3,-4,-4, 1, 3, 0, 8,-1,-3,-2,-1,-6,-4, 1,-4,-2,-2,-8},
                {-4,-5,-4,-7,-6,-6,-7,-5,-3, 0, 0,-7,-1, 8,-5,-3,-4,-1, 4,-3,-5,-6,-3,-8},
                { 1,-1,-2,-3,-4, 0,-2,-2,-1,-3,-3,-2,-3,-5, 6, 1,-1,-7,-6,-2,-2,-1,-2,-8},
                { 1,-1, 1, 0, 0,-2,-1, 1,-2,-2,-4,-1,-2,-3, 1, 3, 2,-2,-3,-2, 0,-1,-1,-8},
                { 1,-2, 0,-1,-3,-2,-2,-1,-3, 0,-3,-1,-1,-4,-1, 2, 4,-6,-3, 0, 0,-2,-1,-8},
                {-7, 1,-4,-8,-8,-6,-8,-8,-3,-6,-3,-5,-6,-1,-7,-2,-6,12,-2,-8,-6,-7,-5,-8},
                {-4,-5,-2,-5,-1,-5,-5,-6,-1,-2,-2,-5,-4, 4,-6,-3,-3,-2, 8,-3,-3,-5,-3,-8},
                { 0,-3,-3,-3,-3,-3,-3,-2,-3, 3, 1,-4, 1,-3,-2,-2, 0,-8,-3, 5,-3,-3,-1,-8},
                { 0,-2, 3, 4,-6, 0, 3, 0, 1,-3,-4, 0,-4,-5,-2, 0, 0,-6,-3,-3, 4, 2,-1,-8},
                {-1,-1, 0, 3,-7, 4, 4,-2, 1,-3,-3,-1,-2,-6,-1,-1,-2,-7,-5,-3, 2, 4,-1,-8},
                {-1,-2,-1,-2,-4,-1,-1,-2,-2,-1,-2,-2,-2,-3,-2,-1,-1,-5,-3,-1,-1,-1,-2,-8},
                {-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8,-8, 1}
        };
        
        
        
        public final static String alphabet = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*";
}
